オゾン療法の国際標準化であるマドリッド宣言によると、エビデンスベースでの適応症は以下です。

1. 疼痛管理・整形外科分野
椎間板ヘルニア
慢性腰痛
変形性関節症
筋筋膜性疼痛症候群

2. 慢性疾患・内科的疾患
慢性疲労症候群（CFS）
線維筋痛症
糖尿病とその合併症（糖尿病性足潰瘍など）
動脈硬化症

3. 感染症・免疫疾患
慢性ウイルス感染症（例：ヘルペスウイルス、HIV）
一部の細菌感染症（抗生物質との併用として）
慢性副鼻腔炎

4. 皮膚科分野
難治性潰瘍（糖尿病性潰瘍、静脈性潰瘍、床ずれ）
湿疹、乾癬
一部の真菌感染症

5. 循環器分野
末梢動脈疾患（PAD）
虚血性疾患（心筋虚血の補助治療）

6. がん治療の補助
放射線療法や化学療法後の副作用軽減
酸素供給の改善による治療効果の補強

7. 美容・アンチエイジング
肌の若返り
酸化ストレスの軽減